회원의 정보호호를 위한 전자금융 보안시스템 강화
전자금융 서비스가 고도화됨에 따라 회원의 정보보호와 시스템 보안에 관한 우려의 목소리도 높아졌다. 새마을금고는 자체 인터넷뱅킹이 안전한 거래 시스템임을 입증받기 위해 2006년 국내 금융권 최초로 BSI(영국표준협회) Korea ISO 27001:2005 인증을 획득한다. ISO 27001:2005는 국제표준화기구(ISO)의 국제정보보호 표준으로서, 보안위험을 식별하고 위험을 효과적으로 관리할 수 있는 대책을 다루는 정보보호 분야의 가장 권위 있는 국제인증이다. 새마을금고는 ISO 27001:2005의 인증을 획득함으로써, 고객정보 · 기밀정보 보호를 위한 높은 수준의 정보보호체계를 구축하고 있음을 국제적으로 공인받게 된다.
또한 2006년 5월에는 인터넷뱅킹 및 텔레뱅킹시스템에 대한 이중화 구축작업도 완료되었다. 이중화 시스템 구축은 인터넷뱅킹, 텔레뱅킹 등 전자금융업무에 대한 수요가 증가하는 상황에서 이에 대한 전자거래 사고발생을 사전에 예방하기 위한 조치였다. 이중화 시스템 구축으로 인해 서비스 절차가 개선되어 중복이용에 따른 불편이 해소되었으며, 보안카드 지시번호 2개 사용 등 안전성이 크게 강화되었다.
2007년 3월에는 범용인증서 발급시스템이 구축되었으며, 9월에는 OTP통합인증센터 가입 및 시스템이 구축되었다. 이러한 전자금융 보안시스템 및 범용인증시스템이 구축됨에 따라 OTP통합인증센터 연동개발, 인터넷뱅킹, e-푸른뱅킹, 텔레뱅킹 등 OTP를 이용한 이체 및 범용공인인증서 연계 발급이 가능하게 되었다. 전자금융 보안시스템 및 범용인증시스템 구축으로 새마을금고의 보안체계가 더욱 강화되어 회원들이 보다 안전하게 전자금융을 이용할 수 있게 되었다.

새마을금고의 차세대시스템, 정보통합시스템 오픈
IT기술의 발달로 기존 금융전산시스템의 낙후속도가 빠르게 진행되면서, 2000년대 중반에 새마을금고 전산망을 새롭게 구축할 필요성이 제기되었고 차세대시스템 구축을 계획하게 된다. 새마을금고는 차세대시스템을 구축하면서 전자금융시장에 대한 유연한 대응, 고객지향 비즈니스 및 업무프로세스 구현을 목표로 삼았다. 기존의 주 전산시스템이었던 메인 프레임(대형 컴퓨터)을 유닉스 환경으로 다운사이징하여 여신, 수신, 공제, 회계, 인사 · 급여, 감독 · 검사 등 새마을금고 대부분의 업무를 차세대시스템으로 구현하는 데 매진한다.
새마을금고의 차세대시스템인 ‘정보통합시스템’은 구축이 시작된 2007년 9월 이후 프로그램 개발 연인원 4,900명, 테스트 인력 약 1,400명이 투입되어 2009년 9월에 완료되었다.
정보통합시스템의 가동으로 새마을금고는 전 업무에 대한 편리한 금융서비스를 제공할 수 있게 되었으며, 이에 따른 금융기관으로서의 경쟁력도 갖추게 되었다. 시스템을 통해 통합 · 가공된 종합정보를 상시 활용할 수 있는 시스템이 구축되어 회원 지향적인 마케팅을 전개하는 데 큰 도움이 되었다.전국 모든 새마을금고의 정보통합시스템이 구축되면서, 기존에는 특정 입출금계좌에 한해서 가능했던 타행에서의 송금·자동 이체가 적립식계좌를 포함한 모든 온라인 입출금계좌에서 가능하게 되었다. 또한 이용시간에 제한이 있었던 자동화기기에서의 적립식예금 입금 등이 인터넷뱅킹, 적금 대출계좌 조회 등과 마찬가지로 24시간 가능해졌다.